El área que hoy ocupa la Casa de la Música Mexicana S.C. comienza en la época prehispánica, este terreno se ubica a la orilla de la isla de Tlatelolco, específicamente en el barrio de Atenantitech, que en náhuatl significa (A la orilla del bordo), era un paso obligado entre ésta isla y la de México-Tenochtitlán. Además de ser un barrio habitado por la nobleza indígena, también fue escenario de continuos enfrentamientos entre éstos dos pueblos.

Durante la conquista española, de la capital de los Mexicas, los señores aztecas, dirigieron desde esta parte de la isla de Tlatelolco la defensa final de Tenochtitlán.

Fue en esta antigua isla tlatelolca, donde los jóvenes alumnos indígenas abordaron en el conocimiento de la cultura universal, de artes y oficios en general, y en el aprendizaje de la música religiosa cristiana por parte de los misioneros franciscanos en la Escuela de Santa Cruz de Tlatelolco, consecuencia directa de las primeras clases impartidas en la capilla de San José de Belén de los naturales del convento de San Francisco “el grande de México”, en el centro de la recién edificada Capital de la Nueva España.

En recientes excavaciones exploratorias, se encontraron en el subsuelo, ofrendas tlatelolcas  con restos óseos humanos, utensilios de barro y ruinas de habitaciones de la época. Actualmente estos testimonios forman parte del conjunto de objetos y vestigios que se exhiben en el Museo de Sitio de Música Mexicana, situado a la entrada de las instalaciones de la Casa de la Música Mexicana S.C.

Durante el Virreinato a esta zona se le conoció, aunque con escasa población indígena, como el barrio de Santa Ana Atenantitech, y se construyó ahí mismo una ermita. Seguramente debido a las continuas inundaciones, el lugar recibió tiempo después el nombre de “La Lagunilla”.

A fines del siglo XIX, se instalaron a la orilla norte de la pequeña Ciudad de México numerosas fábricas. En el recinto de Francisco González Bocanegra #73, dirección actual de la Casa de la Música Mexicana S.C., se construyó primero una fundidora de metal, posteriormente en 1929 ya funcionaba una empresa de hilados y sedas estampadas llamada “Mexican Silk Company” en 1962 empleaba a 162 trabajadores y estuvo en actividades hasta 1987, año en que el Gobierno del Distrito Federal tomó el predio, al revisar la cimentación de las estructuras, se descubrieron, con la debida intervención de la subdirección de salvamento arqueológico del INAH, los testimonios prehispánicos que hemos referido.

Testimonio de esta época son las propias instalaciones de la Casa de la Música Mexicana S.C. consideradas por la Dirección de monumentos históricos del INAH como Monumento Histórico Fabril de fines de XIX, dos antiguas máquinas de textiles, y pequeñas láminas de zinc que se utilizaban en los diversos estampados de sedas y que adornan la parte superior de las vitrinas del Museo. En 1990, se inauguró la Casa de la Música Mexicana S.C.